p6507_1CFC_B_predict

Publié le par Cobra

 

Les projets 6507 et 6508 sont pour les clients FAH "classiques".

Le projet 6507 est pour le domaine B de la calmoduline (auparavant p6506), une protéine de liaison du calcium très étudié. Le projet 6508 simule la protéine G, un autre domaine très étudié de protéine globulaire de topologie alpha/bêta.

Ce travail est une collaboration avec des chercheurs de l'UCSF pour explorer des voies de prédictions des structures quasi-natives des protéines à l'aide de méthodes locales de densité d'énergie libre.


Client : Classique
Nombre d'atomes : 21293
Preferred deadline : 18 jours
Final deadline : 27 jours
Points : 99
Serveur : http://171.64.65.62:8080

http://nsm03.casimages.com/img/2010/06/27//100627102650221006304976.jpg

Calcium-Free Calmodulin



Note de Cobra : Le projet 6507 porte en son titre (1CFC) la référence à la protéine Calcium-Free Calmodulin. Tout le monde sait que le calcium (Ca) est vital, tout au long de notre vie, pour la formation et la préservation de nos os et de nos dents. Mais l'on sait moins que le calcium joue également un rôle extrêmement important dans divers métabolismes essentiels : coagulation du sang, contraction musculaire, pression artérielle, etc. et l'on commence à entrevoir son implication dans le cancer du côlon et même la maladie d'Alzheimer... Pour que le calcium puisse être absorbé par l'organisme, il doit être "fixé", et c'est surtout la vitamine D qui assure ce rôle. Mais pour remplir certaines fonctions notées plus haut, il est nécessaire que le calcium se lie à certaines protéines (enzymes et hormones adéquates). Ce projet 6507 étudie un domaine de la calmoduline dont la fixation des atomes de calcium induit un changement de conformation. Le complexe calmoduline/calcium adopte alors une conformation activante et peut ainsi interagir avec ses protéines cibles pour en moduler l'activité.

La protéine G, étudiée dans le projet 6508, participe au mécanisme de transduction du signal, c'est-à-dire qu'elle permet, parmi d'autres protéines, le transport d'information à l'intérieur de la cellule. C'est en 1994 que le prix Nobel de physiologie ou médecine est attribué à deux Américains, Alfred G. Gilman et Martin Rodbell, pour "leur découverte des protéines G et du rôle de ces protéines dans la transduction des signaux cellulaires". C'est dire que la connaissance de cette protéine et ses fonctions est relativement récente et que certains mécanismes ne sont pas parfaitement compris. Par ailleurs, dans la cellule, tout ne se déroule pas de manière continue. Les réactions nombreuses oscillent entre les états "ON" (activé) et "OFF" (désactivé). Ces états sont contrôlés par ce qu'on appelle des "commutateurs" qui ne sont autres que des protéines mais des protéines bien particulières dont la protéine G en fait partie.

L'Université de Californie, San Francisco (UCSF) est une des meilleures universités au monde. Elle se voue à la promotion de la santé grâce à la recherche biomédicale de pointe, à l'éducation d'un haut niveau universitaire dans les sciences de la vie et professions de santé, et à l'excellence dans les soins aux patients (centres médicaux).


Définitions et explications

- Protéine globulaire
- Protéine G
- Protéines de liaison du calcium
- Calcium
- Calcium et cancer du côlon
- Calcium et maladie d'Alzheimer


Stanford - Texte original

"Projects 6507 and 6508 are for the "classic" FAH clients.

Project 6507 is for domain B of calmodulin (previously was p6506), a well-studied calcium-binding protein. Project 6508 simulates protein G, another well-studied globular alpha/beta topology protein domain.

This work is a collaboration with researchers at UCSF to explore ways of refining near-native protein structures using local free energy density methods."

 

 

 

 

 

 


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