p6503_TR462_B_predict

Publié le par Cobra

 

Le projet 6503 est pour les clients FAH "classiques". Ce projet simule les résidus du domaine B (77-143) de la protéine de transport du fer (II) (PDB 2K5I) dans un solvant explicite. La protéine de transport du fer (II) a été un sujet de prédiction dans le CASP8.

Ce travail est une collaboration avec des chercheurs de l'UCSF pour explorer les voies de prédiction des structures quasi-natives des protéines à l'aide de méthodes locales de densité d'énergie libre.


Client : Classique
Nombre d'atomes : 17092
Preferred deadline : 14 jours
Final deadline : 21 jours
Points : 75
Serveur : http://171.64.65.62:8080


http://nsm03.casimages.com/img/2010/05/10//100510054634221006004422.jpg

Note de Cobra : CASP a pour objectif reconnu de faire progresser les méthodes de prédiction de la structure tridimensionnelle des protéines, à partir de leur séquence d'acides aminés. Tous les deux ans, depuis 1994, des candidats du monde entier s'affrontent sur des sujets de prédiction de protéines. En 2008, l'un de ces sujets  concernait justement les simulations reprises dans les projets 6502 et 6503, c'est-à-dire les deux domaines (résidus 1-75 pour le projet 6502 et résidus 77-143 pour le projet 6503) de la protéine de transport de fer (II) VR131 (dénommée 2K5I dans la Protein Data Bank).

L'Université de Californie, San Francisco (UCSF) est une des meilleures universités au monde. Elle se voue à la promotion de la santé grâce à la recherche biomédicale de pointe, à l'éducation d'un haut niveau universitaire dans les sciences de la vie et professions de santé, et à l'excellence dans les soins aux patients (centres médicaux).


Définitions et Explications

- CASP : Critical Assessment of protein Structure Prediction
- UCSF : University of California, San Francisco


Stanford - Texte original

"Project 6503 is for the "classic" FAH clients. This project simulates domain B (residue 77-143) of the iron(II) transport protein (PDB 2K5I) in explicit solvent. The iron(II) transport protein was a refinement target in the past CASP8.

This work is a collaboration with researchers at UCSF to explore ways of refining near-native protein structures using local free energy density methods."

 

 

 

 

 


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