p6500_TR538_predict

Publié le par Cobra


Le projet 6500 est pour les clients FAH "classiques". Ce projet simule T0538, sujet du CASP9, dans un solvant explicite, une structure prédite du laboratoire Ken Dill.

Ce travail est une collaboration avec des chercheurs de l'UCSF pour explorer des voies de prédiction des structures quasi-natives des protéines à l'aide de méthodes locales de densité d'énergie libre.


Client : Classique
Nombre d'atomes : 13401
Preferred deadline : 11 jours
Final deadline : 16 jours
Points : 58
Serveur : http://171.64.65.62:8080

 

Note de Cobra : CASP a pour objectif reconnu de faire progresser les méthodes de prédiction de la structure tridimensionnelle des protéines, à partir de leur séquence d'acides aminés. Tous les deux ans, depuis 1994, des candidats du monde entier s'affrontent sur des sujets de prédiction de protéines. En 2010, l'un de ces sujets  concernait justement les simulations reprises dans le présent projet 6500.

L'Université de Californie, San Francisco (UCSF) est une des meilleures universités au monde. Elle se voue à la promotion de la santé grâce à la recherche biomédicale de pointe, à l'éducation d'un haut niveau universitaire dans les sciences de la vie et professions de santé, et à l'excellence dans les soins aux patients (centres médicaux). Le laboratoire Ken Dill, de l'UCSF, est pionnier dans l'étude du repliement des protéines et autres questions biomoléculaires. Les chercheurs de Stanford travaillent avec les membres de son groupe sur les calculs d'énergie libre et la prédiction de structure.


Définitions et Explications

- CASP : Critical Assessment of protein Structure Prediction
- UCSF : University of California, San Francisco
- Dill Research Group


Stanford - Texte original

"Project 6500 is for the "classic" FAH clients. This project simulates CASP9 target T0538 in explicit solvent, a predicted structure from Ken Dill's lab.

This work is a collaboration with researchers at UCSF to explore ways of refining near-native protein structures using local free energy density methods."








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