P11162 Ab42M1gb

Publié le par Cobra

 

P11161-11166 : Simulations d'essai de toute la longueur d'un monomère bêta-amyloïde (Abeta) dans l'eau :

Un marqueur pathologique de la maladie d'Alzheimer est la présence de plaques séniles composées de peptides Abeta dans le cerveau des patients. Le système de simulation est composé d'une seule Abeta complète dans l'eau. Ces simulations serviront de test d'usage du champ de force (ffamber99sb), de la configuration du système et de la construction des états possibles de Markov pour le monomère Abeta. C'est le grand point de départ pour des études futures d'oligomérisation.

Client : GPU (GPU3)
Nombre d'atomes : 634
Preferred deadline : 20 jours
Final deadline : 29 jours
Points : 1358
Serveur : http://171.67.108.31:8080


Note de Cobra : Le but premier de Folding@home est l'étude par simulations numériques de tout ce qui se rapporte aux maladies neurodégénératives dont la plus connue et répandue est la maladie d'Alzheimer. Ce n'est donc pas la première fois que les chercheurs Folding@home lance des projets de simulations à même de mieux comprendre les mécanismes des acteurs de cette maladie (voir par exemple p1741), ou tout simplement de mettre en place des outils qui permettront d'aller plus loin dans l'étude de ces mécanismes.

Une annonce du Forum support FAH informe que cette nouvelle série de projets entrent dans un stade avancé de tests et est dédiée aux cartes non-Fermi.  Ces simulations du peptide bêta-amyloïde serviront de tests pour évaluer la performance d'un nouveau core (OpenMM-Gromacs) pour GPU avec le modèle Generalized Born (GB) utilisé comme solvant implicite.


Définitions et explications

- Bêta-amyloïde (Abeta) : peptide de 39 à 43 acides aminés localisé dans le cerveau et aussi dans le sang. Son agrégation en plaques dites "séniles" ou "amyloïdes" est signe de la maladie d'Alzheimer.
- Monomère : Molécule simple à seulement quelques dizaines d'atomes. On parlera de peptide (petite protéine) monomère, telle le monomère amyloïde bêta qui comporte moins de 50 acides aminés.
- Oligomérisation : transformation d'un monomère en oligomère (polymère de petite taille, constitué généralement de 4 à 20 monomères).


Stanford - Texte original

"P11161-11166 : Test simulations of a single full-length amyloid beta (Abeta) monomer in water:

A pathological marker of Alzheimer's disease is the senile plaques composed of Abeta peptides in patient brains. The simulation system is composed of a single full-length Abeta in water. These simulations will serve as a test of force-field usage (ffamber99sb), system setup and to build up possible Markov states for Abeta monomer, which will serve as great starting points for future oligomerization studies."

 

 

 

 

 


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