p10629 OPENMMGMX_test

Publié le par Cobra

 

P10629 : Simulations d'essai de la protéine Villin avec OpenMM-Gromacs GPU.

Ces tests bêta doivent évaluer la performance d'un nouveau noyau (OpenMM-Gromacs) pour GPU avec le modèle Generalized Born (GB) utilisé comme solvant implicite.


Client : GPU (GPU3)
Nombre d'atomes : 582
Preferred deadline : 2 jours
Final deadline : 3 jours
Points : 610
Serveur : http://171.67.108.20:8080


Note de Cobra : Ce projet fait partie d'une série pour tester un nouveau client GPU (GPU3) ainsi que son premier noyau tout neuf (FahCore_15).

Le 25 mai 2010, Vijay Pande informe sur son blog de la sortie du GPU3 en bêta ouverte. Dans sa news, Fah-Addict reprend l'article et complète avec les informations utiles.

Le 31 mai 2010, Vijay Pande fait le point et fournit la feuille de route pour ce nouveau client/core GPU.

Pour résumer cette news, Vijay informe que les remontées du bêta-test ont permis de découvrir quelques anomalies que son équipe est en train de corriger. Tant que les plus importantes ne seront pas fixées, on restera en bêta-test qui risque donc de durer plus longtemps que prévu. Ensuite seulement, le nouveau client remplacera l'ancien. Cela fait, et étant donné que les projets scientifiques qui utilisent actuellement un noyau donné (p. ex. core 11) devront impérativement être terminés avec ce même noyau, le GPU3 prendra environ 3 à 6 mois, voire plus, avant de tourner uniquement avec son core de prédilection, le core 15.

Par ailleurs, les cartes Fermi (nVidia séries 4xx) ne peuvent exécuter que le core 15. Le core 15 est donc assigné en priorité à Fermi. Mais avec le peu de projets core 15 actuels, un risque de pénurie de WU existe. Il pourrait en être de même pour les non Fermi qui verront les WU des projets core 11 se tarir. Cela changera lorsque davantage de projets core 15 seront mis en ligne au cours des prochains mois.

Cela dit, il est quand même plus avantageux d'utiliser le nouveau client, afin d'éviter les pénuries des WU core 11, et étant donné qu'il y aura de plus en plus de projets core 15. Mais comme il y a encore beaucoup de WU core 11 en cours, il n'est pas nécessaire aux donateurs utilisant des cartes non Fermi de basculer immédiatement sur GPU3.

Le 13 juillet 2010, conformément à sa feuille de route, Vijay Pande estime que le client GPU3 est suffisamment débogué pour commencer à entrer en pleine production et, de ce fait, figurer sur la page officielle de téléchargement des clients "hautes performances", d'abord en version 6.32 System Tray. Le core 15 entre donc en production mais les tests ne sont pas terminés pour autant car un core 16 fera son apparition dans les semaines à venir.


Texte original - Stanford

"P10629 : Test simulations of villin with gpu openmm-gromacs

These beta tests are to evaluate the performance of a new core (openmm-gromacs) on gpu with Generalized Born (GB) model used as implicit solvent."

 

 

 

 

 


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